09基于AFLP的共显性条带评分

首页    应用场景    09基于AFLP的共显性条带评分

基于AFLP的共显性条带评分

AFLP扩增片段长度多态性)标记技术的基本原理是利用PCR技术和凝胶电泳技术对基因组DNA的双酶切片段进行选择性扩增、电泳分离来检测扩增的DNA片段的长度多态性一般用EcoRI和MseI限制性内切酶将基因组DNA进行双酶切,然后将酶切片段和接头(adapter)连接,连接产物作为预扩增反应的模板,接头序列加1个选择性碱基作为预扩增引物进行预扩增,其扩增产物作为模板,用含2-3个选择性碱基的引物进行选择性扩增。扩增片段经过变性聚丙烯酰胺电泳分离、银染或自显影检测,即可获得大量的DNA谱带。对同一组DNA而言,引物的选择性碱基数目越多,扩增出来的带就越少;反之,扩增出来的带就多。

基于AFLP的共显性条带评分

传统植物育种是基于将两个种族或品种的感兴趣表型性状结合到新品种中。在现代育种中,遗传标记(标记辅助选择)可协助并促进成功的杂交。常用的基因指纹技术是扩增片段长度多态性(AFLP),其中选择性扩增的全基因组限制性片段通过电泳分离成复合带图谱。特定条带的出现可能与特定表型性状的存在有关。然而,在二倍体生物中,表型性状可以是纯合的或杂合的,从理论上讲,这将导致标记条带具有双重或单一强度。

考虑一个具有两个亲本品系(P1和P2)的杂交实验(见图),每个亲本品系都具有一种理想的遗传标记,这种标记在后代中都是以纯合子结合。P1XP2杂交会产生F1的后代,F1是两种标记的杂合子。后续F1XF1杂交产生F2后代,显示DNA标记的分离。对于F1代中的每个杂合标记,有25%的概率标记会消失,标记是杂合的概率为50%,标记是纯合的概率为25%。对于本例中的两个未关联的遗传标记,F2后代中的两个标记均为纯合子,换句话说就是从P1和P2继承的两个所需属性都是“纯”的(在图中突出显示)概率为6.25%(或1/16)

Marker assisted selection using AFLP markers

然而,实际上条带带的高度分布不同于图中所示的情况。 这是由于泳道之间的强度差异(例如,由于所应用的DNA浓度的变化所致)和沿着行程长度的强度差异(例如,在毛细管测序仪的电泳图中观察到的典型“滑雪倾斜”)。 因此,在将泳道内和泳道之间的带高被评分为纯合、杂合或缺失之前,必须先对其进行标准化,并且必须以统计学的方式评估得分本身。

BioNumerics中AFLP共显性标记的评分

BioNumerics软件使用其经过验证的指纹标准化理念,可以生成无限制的AFLP图谱数据库,这些数据库均已精确地与一个全球参考系统比对。构成参考系统的参考位置可以是来自专用marker集的条带,也可以是所有AFLP图谱上的一组通用条带。可以将数据库中存储的数千个AFLP图谱进行相互比较,从而无需在每次运行或凝胶电泳中均包含参考样品。 当我们想通过毛细管电泳获得AFLP谱型,BioNumerics提供了用于谱型标准化,峰搜索和样品记录的全自动工作流程。

自动分配遗传标记

遗传标记可以作为条带类存储在数据库中,可以为其指定名称,例如它们对应的表型特征。 可以在“对比”窗口中一起分析数据库中的任何AFLP配置图谱文件集,在该窗口中,自动将指定条带分配给标记类。 用户可以使用简单的拖放功能和/或键盘快捷键来简单地分配取消分配条带或将条带重新分配给不同的DNA标记类。

用户可以在对比窗口中的任何选定位置添加或删除条带,并通过单个命令将所有修改后的条带信息保存在所有受影响的凝胶实验或电泳中。 多步撤消/重做功能和无级缩放滑块使编辑条带和标记分配更加方便。

Scoring of genetic markers in the BioNumerics software

杂合度计算

就杂合度而言,所有条带最初都被评分为“未定义”。 使用一些已知的均匀纯合带,对条目和带类进行2次迭代标准化。该标准化条带匹配一起存储。这些带随后被分为以下五个状态:不存在不确定带,杂合,未定义杂合度和纯合。可以调整标准化和评分设置(见图)。

Band scoring settings

Band calibration plots

可以使用条带类校准图监视自动条带分配并进一步完善(请参见下文)。

对于每个DNA标记,用户可以双击该图以打开一个详细的图,显示峰的原始分布(左)和经过2次迭代标准化后的分布(右)。在该图中,缺少的条带为黑色,杂合的条带为绿色,纯合的条带为蓝色。 用户可以直接在图上重新定义不确定,杂合,未定义杂合和纯合之间的界限。

Band scoring calibration detail

定制的报告可以生成以制表符分隔的文本文件,其中包含针对不同杂合状态的用户定义字符(请参见图“条带评分设置”)。 分配后,每个图谱的每个条带杂合状态都存储在数据库中。 可以将新的图谱与先前分析的图谱进行比较,后者可以用作高级条带评分的参考。

BioNumerics中,此应用的分析需要基于许可证的Band Scoring插件。请与我们联系以获取许可信息。




        IMG_256   中科logo

  中国区官方授权总经销商

以上资料由BioNumerics中国区官方授权总经销商独家提供,如需转载请主动标明出处。

客服专线:010-53639817 53639871

市场专线:15712982811    13552183571

QQ客服:3545869936  3316774663

搜索关键词:

比利时Applied-Maths Bionumerics、比利时BionumericsBioNumerics生物信息分析软件、BioNumerics生物分析软件、BN分析软件、PFGE分析软件、Bionumerics软件7.6、Bionumerics软件6.6、食源性疾病



收藏