11基于序列的分析

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基于序列的分型

病毒的基因组在核苷酸水平上显示出很高的突变率,可将其用于分子分型。通过对病毒基因组的特定可变区进行测序,可以研究某些物种的选定分离株是否具有遗传相关性。

基于序列的病毒分型是在爆发事件中使用的一种快速且可移植的方法,例如调查医院和其他医疗机构的院内感染。BioNumerics提供了一个丰富的数据库和分析平台,可以将序列数据集与任何其他表型基因型流行病学和地理数据一起进行比较聚类和分析通过BioNumerics的数据库共享工具在用户和实验室之间交换数据,并建立分子监网络(例如CaliciNet)。

Sequence typing principles

Bionumerics中基于序列的分型分析

        BioNumerics允许使用批处理序列组装插件批量导入和拼接原始色谱图文件。可以从在线存储库或FASTA和GenBank文件格式导入参考序列。可以在序列查看器窗口中手动注释序列。使用完善的算法(例如Needleman-Wunsch和Wilbur-Lipman或我们在Applied Maths中阐述的我们自己的专有算法)执行多比对。

Sequence multiple alignment in BioNumerics

        使用大量统计系数和聚类方法(UPGMA,Ward,Neighbor Joining等),为任何选定的序列组创建比较并计算相似性或距离矩阵和树状图。或者根据诸如地理分布采样日期血清型等因素创建最小生成树以绘制流行病差异







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