14脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型

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脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型

脉冲场凝胶电泳(PFGE)是一种高度区分性的分子分型技术,已在全世界的流行病学研究中使用。PFGE基于大的DNA限制性片段在交替极性的电场中的可变迁移的原理。通过比较任何两个分离株的指纹图谱,可以研究它们是否属于同一菌株(即两个分离株是克隆的)或在遗传上不相关。PFGE在国际监测网络(例如PulseNet)中的使用以及重要食源性病原体(大肠杆菌,李斯特菌,弯曲杆菌等)的标准流程中使用,促进了该技术的采用。尽管可以使用最新的分型方法,但PFGE仍然是许多国家和国际监程序中的金标准。

PFGE scheme

        在实践中,将经过研究的分离株的标准化细胞悬液包埋在琼脂中,以增强该过程中的DNA稳定性。然后裂解细菌细胞,并通过宏观限制性分析产生细菌染色体的大片段。在电泳过程中使用交替极性的电场分离DNA片段,然后得到图谱并记录指纹文件

BioNumerics中的PFGE分析

BioNumerics软件提供了用于分析PFGE指纹数据的集成平台。BioNumerics使用行业领先的数据库引擎,使您可以将所有流行病学信息和凝胶图像存储在一个数据库中。便捷的向导可帮助您定义新的指纹类型,选择最佳设置以进行标准化、分辨率背景消除、平滑和条带查找。整个凝胶图像预处理都包含在功能强大的基于标签的窗口中,任何阶段可以轻松访问重新编辑过程,而又不会在另一步骤中丢失任何编辑内容。

PFGE gel processing

        我们独特的参考系统概念使自动和可靠地重新映射不同条件下运行的实验成为可能。这一重要功能使实验室之间可以交换和比较在不同条件或设置下获得的电泳数据。

        通过轻松拖放,将指纹数据链接到BioNumerics数据库中的分离株。

        只需单击几下鼠标即可创建数据比较:一个可帮助您使用BioNumerics丰富的统计工具集来计算相似度矩阵和树状图的向导

l                      包括基于条带的相似系数:JaccardDiceJeffrey's XOchiai不同条带的数量。

l                      在各种聚类分析方法之间进行选择:UPGMA、Ward、位相邻、单链接完整链接创建图。

通过计算错误标志和共形相关性来评估创建的聚类的重要性。

PFGE comparison

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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2020年6月22日 17:18
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