17全基因组单核苷酸多态性

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全基因组单核苷酸多态性wgSNP(Whole Genome Single Nucleotide Polymorphism)

 

主要指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA 序列多态性。在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。即:在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象。

全基因SNP分析

BioNumerics具有一个分析套件,可让您检测整个基因组序列上的单核苷酸多态性(SNP),并对所得的整个基因组SNP(wgSNP)矩阵进行聚类分析。

SNP dendrogram

通过适当选择的参考序列,wgSNP可为菌株分型提供最终的解决方案!

Sequence assembly从原始序列reads开始

确保所研究的所有分离株的基因组序列一致的最简单方法是将其原始序列reads与相同参考序列作图。

您可以在本地台式计算机或计算引擎上执行此操作。

过滤相关的SNPs

除真的点突变外,观察到的与参考的差异可能是由于例如测序错误或更大的插入缺失和重排。 因此,对于系统发育分析和菌株分型,仅保留相关的高质量SNP非常重要。

BioNumerics 7.6版中提供了广泛的SNP过滤器,涵盖了所有可能的情况。

SNP filters

全新的SNP分析窗口可提供大量视觉反馈,以评估SNP过滤的效果,并能够与序列和拼接轻松链接。

方便的SNP模板

SNP模板是一组SNP过滤器设置。BioNumerics 7.6版提供了默认的SNP模板,涵盖了最常见的使用场景。此外,您可以创建自己的SNP模板,并针对您的研究进行优化。

在常规应用程序中,只需单击几下鼠标即可创建wgSNP聚类。新的“类别差异”系数可用于wgSNP聚类分析。SNP distance coefficient

和计算引擎整合

安装WGS tools插件以在计算引擎上执行耗时的参考映射,并将wgSNP与wgMLST结果结合在一起。

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2020年6月22日 17:18
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